Sampai dengan 2021, TFCA Kalimantan telah mendukung mitra melakukan kegiatan konservasi terhadap 11 spesies flagship: orangutan, badak sumatra, pesut, banteng kalimantan, rangkong, arwana, gajah, bekantan, buaya badas, bangau storm, dan langur borneo. Skema konservasi spesies dilakukan dengan perlindungan habitat, pelepasliaran, perbaikan data dan informasi, kampanye dan penyadartahuan, penyusunan rencana aksi konservasi, investigasi peredaran tumbuhan dan satwa illegal, serta translokasi satwa.

Di 2021 kegiatan konservasi spesies flagship mitra terdiri dari konservasi habitat orangutan, bekantan, buaya badas, bangau storm, dan langur borneo. Melanjutkan inisiasi konservasi orangutan yang dilakukan oleh YIARI, proyek ASRI berupaya mengurangi risiko zoonosis penularan TB antara masyarakat dan orangutan, serta penyadaran masyarakat. Di Berau, Fahutan Unmul pada tahap awal inisasi pengelolaan kolaboratif lansekap Hutan Lindung Sungai Lesan dan Hutan Lindung Gunung Menyapa. Mitra lain di Berau dan di Delta Mahakam Kutai Kartanegara melakukan konservasi mangrove yang merupakan habitat dari Bekantan. Di Kutai Timur mitra Yasiwa – Ulin melakukan konservasi habitat budaya badas, bangau storm, dan bekantan. Di Kabupaten yang sama mitra Wehea Petkuq melakukan upaya konservasi habitat orang utan di Hutan Lindung Huliwa.